Kościół brał udział w niejednej burzy dziejowej i był świadkiem wielkich wydarzeń historycznych w życiu stolicy i kraju. W tym kościele spoczywają prochy nie tylko zasłużonych misjonarzy, takich jak: Lambert aux Couteaux, Bartłomiej Tarło czy Gabriel Baudouin. Leżą tu między innymi Adam Kazimierz Czartoryski i Stanisław Małachowski. Przez trzy lata w dolnym kościele stała trumna ze zwłokami księcia Józefa Poniatowskiego, zanim została przewieziona do Krakowa i złożona na Wawelu. Znajdują się też tutaj serca Fryderyka Chopina i Władysława Reymonta. Stąd żegnano przed ostatnią drogą Stanisława Kostkę Potockiego, Edwarda Odyńca, Stanisława Moniuszkę, Karola Szymanowskiego, Pawła Jasienicę i wielu innych. W kościele Świętego Krzyża modlili się królowie, prezydenci, kardynałowie i dowódcy, nuncjusz apostolski Achilles Ratti, późniejszy papież Pius XI, a w 1987 roku sam Ojciec Święty Jan Paweł II. Od czasów króla Stanisława Augusta Poniatowskiego kościół ten stał się świątynią o charakterze ogólnopolskim ze względu na odbywające się w nim uroczyste nabożeństwa i manifestacje patriotyczne, zarówno za czasów rosyjskiej, carskiej niewoli, jak i podczas pięćdziesięciolecia po II wojnie światowej. Był też oazą patriotyzmu i oparciem dla wielu prześladowanych w okresie powstań narodowych i tworzenia się ruchu solidarnościowego.